17 июля 1866 года Епископ Феофан был назначен настоятелем Вышенской пустыни, где провел свою жизнь как ученый инок. В свободное от духовных подвигов время он занимался учено-литературными богословскими трудами, писал множество писем к разным лицам, обращавшимся к нему с недоуменными вопросами, с просьбами о помощи и наставлениях. Уйдя из мира и почти не встречаясь с людьми, епископ-затворник интересовался жизнью Церкви и своей Родины. Он выписывал многие журналы, выходившие в его время.