Церковь была основана папой Пием (142–157) в доме дочери святого апостола Пуда, святой Пракседы. В 867–869 годах этот храм входил в состав монастырского комплекса, где служили святые братья Кирилл и Мефодий. Святой Кирилл почил о Бозе 14 февраля 869 года, ныне его святые мощи находятся в церкви святого Климента в Риме. Под главным алтарем храма находятся саркофаги с мощами святых дев мучениц Пракседы и Пуденцианы. Здесь сохраняются частички мощей 2300 мучеников, часть мощей святых мучеников персидских Марина и Марфы, мощи святых пап Понтиана (230–235) и Келестина I (422–432). С правой стороны в третьей капелле от главного входа устроен придел святого мученика Зенона, который украшен мозаиками IX века. Именно здесь находится часть столба (Colonna della Flagellazione), к которому был привязан во время бичевания Господь Иисус Христос. Столб был призен в Рим из Иерусалима в 1223 году кардиналом Иоанном Колонна. Здесь же сохраняется реликварий с тремя шипами от тернового венца Спасителя. Над престолом древняя мозаика с изображением Божией Матери и святыми девами Пракседой и Пуденцианой.
В базилике Сан-Пьетро-ин-Винколи (Chiesa di San Pietro in Vincoli – «святой Петр в оковах») поклонились честным веригам апостола Петра, празднование которым Святая Православная Церковь совершает 16 января.
Веригами апостол был скован во время ареста в Иерусалиме около 42 года по приказанию Ирода Агриппы: «И вот, Ангел Господень предстал, и свет осиял темницу. [Ангел], толкнув Петра в бок, пробудил его и сказал: встань скорее. И цепи упали с рук его» (Деян. 12, 7) и в Мамертинской тюрьме в Риме при императоре Нероне около 64 года.
Первоначально вериги апостола хранились в Иерусалиме, в 439 году патриарх Ювеналий подарил их императрице Евдокии, которая перевезла их в Константинополь. Одну из цепей она отправила в Рим в качестве дара своей дочери Евдоксии. В Риме для хранения святыни была построена базилика. В храм были помещены и другие оковы, в которых апостол Петр содержался под арестом в Риме. Ныне честные вериги хранятся в прозрачной дарохранительнице у центрального алтаря церкви.
В храме покоится папа Юлий II, проект гробницы которого составил Микеланджело. Здесь находится знаменитый Моисей «с рожками» (1515), которые символизируют лучи света, исходящие от головы пророка, а также статуи Лии и Рахили, выполненные его учеником Раффаэлло да Монтелуно.
В базилике святого Климента (Basilica di San Clemente), находящейся к востоку от Колизея, сестры Вышенской обители поклонились мощам святого Климента, четвертого римского епископа, принявшего мученическую смерть в инкерманских каменоломнях, и мощам святого равноапостольного Кирилла, просветителя славянских народов.
В Риме находится очень много катакомб, где молились первые христиане. Катакомбы святого Себастьяна (Catacombe di San Sebastiano), которые посетили сестры, находятся на юге Рима на Аппиевой дороге.
Святой Себастьян был начальником царских телохранителей и любимцем императора. Он исповедовал христианство тайно, чтобы иметь возможность приходить в темницы и облегчать участь первых христиан. Император Диоклетиан, узнав о том, что начальник телохранителей исповедует христианство, подверг его мучительной смерти. Себастьяна привязали к дереву и расстреляли, оставив умирать в муках. Но жена святого мученика спасла его. Себастьян вышел к царскому дворцу и начал обвинять Диоклетиана в безбожии. Святого Себастьяна убили на конском ристалище, недалеко от императорского дворца, а тело бросили в сточную трубу. Останки мученика были перенесены в катакомбы.
Престол с мощами святого Себастьяна, находится в церкви Сан-Себастьяно-фуори-ле-Мура, построенной прямо над катакомбами.
Сестры посетили также Колизей, памятник архитектуры Древнего Рима, место подвига первых христианских мучеников.
