В конце XIX века церковь была еще прочной, но тесной и сырой и не соответствовала требованиям времени. Поэтому с устройством теплого Казанского собора эта церковь не использовалась. К моменту закрытия Вышенской пустыни в 1923 году Успенская церковь уже не действовала в течение 65 лет. Когда храм передали детскому городку, в нем устроили театр. Иконостас по этому случаю разобрали, сняли крест с купола и закрасили на стенах священные изображения. Впоследствии в здании храма находились помещения для пациентов психбольницы.
В 1996 году произошел обвал купола церкви, после чего ее передали монастырю.
21 июня 1998 года архиепископ Рязанский и Касимовский Симон совершил торжественное освящение храма, в нем возобновились богослужения. 29 июня 2002 года из церкви преподобного Сергия Радонежского в селе Эммануиловки в Успенский храм были перенесены мощи святителя Феофана, Затворника Вышенского, которые пребывали здесь до 2009 года, после чего их поместили в восстановленный Казанский собор.
Здание Успенского храма находилось в неудовлетворительном состоянии: аварийную кровлю периодически ремонтировали, из-за протечек кровли и повреждений выноса повсеместно наблюдались множественные трещины конструкций, отдельные участки были повреждены жуком-древоточцем, гнилью и плесенью.
Расположение Успенского собора в более низких отметках и отсутствие отмостки обусловило постоянное замокание его цокольной части, и, как следствие, проседание и разрушение цоколя, разрушение кирпичной кладки – множественные отслоения и вывал лицевых рядов кирпичной кладки и распространение биодеструкции.
Важной вехой в восстановлении монастыря стал 2008 год, когда Вышенский монастырь был включен в федеральную целевую программу «Культура России», проводимую Министерством культуры Российской Федерации, и началась разработка научно-проектной документации для последующей реставрации всего монастырского комплекса. В этом же году монастырь стал сотрудничать с компанией «Межрегионреставрация», генеральным директором которого является Людмила Игоревна Коваль.
К 2015 году в храме были начаты первоочередные-противоаварийные работы и реставраторам удалось вывести здание церкви из аварийного состояния. Проведена полная замена ветхих деревянных конструкций стропильной системы и открытие кровли апсиды, трапезной и выступающих карнизов, удалены цементные ремонтные составы, проведено инъектирование расслоившийся кладки, расчистка поврежденной и деструктированной поверхности кладки с дальнейшей обработкой от плесени, реставрация кладочных швов, выполнена реставрация аварийной разрушенной кладки цоколя и на фасадах, заложены поздние «прорубленные» дверные проемы трапезной. Белокаменные блоки цокольной части расчищены механическим путем, проведена антисептическая обработка, выполнены вставки, расшивка и заполнение швов.
Сейчас в Успенском храме проводятся внутренние работы. Реставраторы, бережно расчистив следы поздней штукатурки четверика и апсиды, обнаружили деревянный свод, а под многослойной штукатуркой трапезной открылись фрагменты живописи. Выполняется раскрытие северного и южного дверных проемов трапезной, которые ранее при эксплуатации храма был заложены. Демонтирован аварийный поздний пол, который был установлен на «подручных» материалах. Выявлено аварийное проседание арок с множественными конструктивными трещинами, как следствие отсутствия тяжей, которые были срезаны при нахождении в здании церкви психбольницы.
Сестры обители и паломники молятся о том, чтобы как можно скорее в древнем храме снова зазвучали слова молитвы, снова стала приноситься бескровная жертва за весь Православный мир.
