Преподобный прожил в одиночестве на острове 27 лет, добывал себе пищу земледелием, от посещавших иногда остров рыбаков принимал в дар рыбу. Особым подвигом святого Нила было то, что он не ложился для сна, но спал сидя, оперевшись на два больших деревянных крюка, вбитых в стену кельи. За несколько лет до кончины преподобный Нил выкопал в часовне могилу и поставил в ней гроб, к которому приходил каждый день и оплакивал свои грехи.
Скончался преподобный Нил 7 декабря 1555 года. На месте подвигов святого впоследствии была основана Нило-Столобенская пустынь.
