15 февраля 1841 года студент Говоров был пострижен в монашество с именем Феофан ректором академии архимандритом Иеремией 6 апреля того же года ректор Иеремия, в то время уже епископ Чигиринский, викарий Киевского митрополита, рукоположил инока Феофана в иеродиакона, а 1 июля – в иеромонаха.
В 1841 году иеромонах Феофан в числе первых закончил академию со степенью магистра богословия за курсовое сочинение «Обозрение подзаконной религии» и был назначен ректором Киево-Софийского духовного училища.
7 декабря 1842 года отец Феофан определен инспектором Новгородской духовной семинарии и преподавателем психологии и логики, а в конце 1844 года его перевели в Петербургскую духовную академию на должность бакалавра нравственного и пастырского богословия. С 22 марта 1845 года на иеромонаха Феофана возложена должность помощника инспектора академии, а 3 июля он был назначен членом комитета для рассмотрения конспектов преподаваемых в семинарии учебных предметов.
21 августа 1847 года отец Феофан назначен членом Русской Духовной Миссии в Иерусалиме, возглавляемой архимандритом Порфирием (Успенским), известным церковным археологом. В 1854 году Духовная Миссия из Иерусалима была отозвана в Россию. За свои труды и заслуги в Миссии иеромонах Феофан был возведен в сан архимандрита и назначен в Петербургскую духовную академию бакалавром канонического права, а через полгода – на должность ректора Олонецкой духовной семинарии.
В 1856 году архимандрит Феофан был послан в Грецию на должность настоятеля посольской церкви в Константинополе.
Указом Святейшего Синода от 13 июня 1857 года отец Феофан был назначен на должность ректора С.-Петербургской духовной академии и профессором богословских наук. Ему было поручено наблюдение за преподаванием Закона Божия во всех светских учебных заведениях столицы и ее окрестностей.
В июне 1859 года состоялась хиротония архимандрита Феофана во епископа Тамбовского. Хиротония совершена в Александро-Невской Лавре собором епископов во главе с митрополитом С.-Петербургским Григорием.
В 1861 году по решению Св. Синода епископ Феофан принимал участие в торжестве открытия мощей святителя Тихона Задонского.
22 июля 1863 года он был перемещен на древнюю Владимирскую кафедру.
Епископ Феофан проявил себя ревностным проповедником. Плодом его проповеднических трудов явились публикации его слов, обращенных к Тамбовской и Владимирской паствам.
