Общежительная Вышенская Успенская пустынь к 1923 году почти полностью была ликвидирована советской властью. Земельные угодья и документы на пользование землей, а также земельные планы у обители были отобраны, церковные ценности изъяты и разграблены, колокола сняты с колокольни и проданы, монастырское кладбище стало использоваться под огороды, библиотека сожжена, здания частично были заняты «Детским городком имени III Интернационала» и домом инвалидов, Успенскую церковь приспособили под театр, братию из 80 человек разогнали, и только в Христорождественском храме до 1938 года несколько иеромонахов из Вышенской братии продолжали совершать богослужения. «Бог попустил подобное по грехам народа. «За беззакония людей не пощажу Своей святыни», – так говаривала про поругание этого монастыря одна из ялтуновских стариц – Анисья. Позже, с 1925 года, в зданиях монастыря размещались поочередно детский сад, лесхоз, свиносовхоз, а с 1938 – областная психиатрическая больница.
В 1990-е гг. стали возрождаться многие монастыри, в том числе и обитель на Выше. 29 апреля 1990 года последовало решение Совета по делам религий при Совете Министров СССР о передаче Рязанскому епархиальному управлению некоторых зданий бывшей Успенской Вышенской пустыни. Монастырь было решено открыть как женский. На следующий день, 30 апреля, в день празднования Святых жен-мироносиц в Борисоглебском Соборе Рязани по благословению Святейшего Патриарха Пимена архиепископом Рязанским и Касимовским Симоном совершилось торжественное посвящение в сан игумении монахини Нонны (Знаменской Нины Борисовны) с последующим ее назначением настоятельницей в этот монастырь для его возрождения. Несмотря на то, что были отданы Казанский и Христорождественский соборы и небольшой бывший братский корпус, сразу приступить к их реставрации не было возможности. Матушке негде было приютиться: территорию монастыря занимала психиатрическая больница.
Родители матушки к тому времени почили, оба представши пред Господом в монашеском чине, и поэтому она, никем не удерживаемая, 11 июля 1990 года прибыла на место своего назначения. Ей пришлось поселиться на Быковой Горе, в пяти километрах от монастыря, в месте, числившемся в государственных архивах памятником культуры местного значения. Еще недавно здесь был туберкулезный госпиталь. В 1988 году здания освободили, но они оказались сильно запущены. Все здания принадлежали администрации города Шацка. Их приходилось арендовать.
Первое время матушка жила совершенно одна. 18 июля 1990 года к ней пришла первая сестра, которая вскоре была пострижена в иночество с именем Феофания в честь свт. Феофана. Она несла послушание казначеи. До некоторого времени так и жили вдвоем. К зиме собралось человек шесть. Молились в келии матушки Игумении, ибо церковь в честь вмч. Екатерины, когда-то имевшаяся в имении Нарышкиных на Быковой Горе, была давно уничтожена.
По большим праздникам и воскресным дням совершали паломничество в Эммануиловку к мощам свт. Феофана и чудотворной иконе Божией Матери и молились на Всенощной. Переночевав где-нибудь у добрых людей, спешили на исповедь и причащались за Божественной Литургией, после чего возвращались на Быкову Гору.
Так продолжалось недолго. Значительность расстояния и постоянная зависимость от транспорта создавали неудобства. Вскоре, в январе 1991 года, матушка обратилась к правящему архиерею – архиепископу Симону с просьбой об устройстве церкви на Быковой Горе. Владыка благословил. Для храма подготовили помещение, служившее Нарышкиным столовой. Здание привели в надлежащий вид. Накануне Лазаревой субботы освятили храм в честь святителя Феофана Затворника. Освящение по благословению владыки совершил протоиерей Андрей Правдолюбов. Литургия в нем совершалась не каждый день – только в праздники и воскресные дни. Все остальное время сестры посвящали труду, и, конечно же, молились утром и вечером, собравшись вместе. Стали реже бывать у мощей свт. Феофана, только на особо торжественных службах в дни его памяти и празднования иконы Божией Матери Казанской Вышенской. Но в храме на Быковой Горе можно было приложиться к частице мощей святителя Феофана, которая хранилась в особом ковчежце. В нем же была помещена и часть от гроба святителя-затворника. Сестричество обустроились в доме, в котором ранее жил главврач. Все сосредоточилось в этом доме: здесь молились утром и вечером, здесь же была устроена кухня и трапезная, здесь же было и несколько сестринских келий.
Труд определялся большим количеством имевшейся вокруг свободной земли, которую решили возделывать, используя под огороды и сенокосы. Под картофель и свеклу был отведен дальний огород, овощи сажали на ближнем огороде. Завелась кое-какая скотинка – коровки, лошадка. В заготовке дров и более тяжелых земляных работах, а также во время сенокоса без мужской силы трудно было обойтись, поэтому помогали рабочие, отзывчивые местные жители. На сенокос выходили большим дружным семейством. Непременно был с нами наш батюшка отец Василий, все эти годы деливший с нами все радости и невзгоды и всеми нами любимая матушка Игумения. Благодатное незабвенное время!
Солнце пригревает, ветерок ласкает; земляника услаждает, речка прохлаждает. Труды – не в тягость, на сердце – радость. Вокруг запахи благоуханные, цветы взор радуют. В душе – покой. Бесчисленные дары Божии…
Сестры сами пекли хлеб и просфоры, сначала только для своей обители, а позже – и для окрестных приходов. Зима была временем для рукоделия – шитья и вышивания. Жили так небольшой общинкой в пятнадцать человек.
В начале 1990-х взялись было реставрировать Христорождественский собор. К 1994 году с помощью Управления культуры Рязанской области удалось восстановить купола и кресты; в алтарной части храма положили деревянные полы и сделали амвон. Примечательно, что именно в этом году – 23 января – праздновалось столетие со дня блаженной кончины святителя Феофана. Прибывшие на праздник по этому случаю архиереи – митрополит Волоколамский и Юрьевский Питирим, архиепископ Рязанский и Касимовский Симон, епископ Владимирский и Суздальский Евлогий и епископ Валентин (ныне Митрополит Оренбугский и Бузулукский) – после торжественной службы перед мощами в эммануиловском храме отслужили молебен в Христорождественском соборе. Это было первое и единственное богослужение в нем за период возрождения. На этом, к сожалению, реставрация храма приостановилась.
К Казанскому храму не успели приступить с реставрационными работами. Поставили леса. Но как только узнали, что он раньше был холодный и не приспособлен к отоплению, отложили и его восстановление. Успенская же Церковь не была передана монастырю. Она принадлежала больнице. Казалось, нескоро, совсем нескоро нам быть на Выше. Все пути туда закрыты… И тут Господь явил Свою милость. Кроме того, вдруг вспомнились слова ялтуновских стариц, казавшиеся невероятными и неправдоподобными: «Первой откроется та церковь, которая первой закрылась». Как известно, первой закрылась Успенская. Неожиданно в Успенской Церкви обвалился купол, и здание сразу же стало ненужным больнице. Министерством культуры России, по ходатайству игумении Нонны, Успенский храм был отдан Рязанской епархии. Произошло это 29 мая 1997 года. Через год храм был готов к освящению. Состоялось оно 21 июня 1998 года в год 10-летия со дня прославления святителя Феофана. Торжественную и радостную службу возглавил владыка Симон. С этого дня началось ежедневное богослужение в Свято-Успенском Вышенском женском монастыре.
В 1996 году случился пожар, унесший много добра монастырского, среди которого была и ценная церковная утварь. Господь дал, Господь и взял! Не без воли Божией ведь случился этот пожар. Понятное дело, переживали … Восполнилось все с избытком.
В 1999 году была передана в монастырь Казанская Вышенская икона Божией Матери, хранительницей которой была монахиня Херувима. В этом событии сестры узрели особую милость Божию, заступничество и покров Самой Царицы Небесной. В 2001 году по благословению и при участии митрополита Рязанского и Касимовского Симона и архиепископа Тамбовского и Мичуринского Евгения были возобновлены крестные ходы с Вышенской Казанской иконой в Тамбовскую епархию.
23 января 2000 года администрация больницы передала в распоряжение монастыря корпус, в котором жил святитель Феофан. Большая заслуга в этом принадлежала епископу Шацкому Иосифу, который проводил переговоры с главврачом больницы. Монастырю пришлось не один год восстанавливать корпуса, чтобы перевести туда больных, находившихся в Феофановском корпусе.